Die Gumnitz ist durch ihre Funktion als eiszeitliche Schmelzwasserrinne geprägt worden. Sie ist eine Niederungslandschaft mit Niedermooren, die als Feuchtgebiets-Trittsteinbiotop eine bedeutende Rolle spielt. Das Naturschutzgebiet umfaßt eine Fläche von 226 ha, wovon die Gumnitzwiesen 20-25 ha einnehmen. Sie sind ein kleinflächiges, von jungpleistozänen Schmelzwassersanden umgebenes Durchströmungsmoor mit einer Moormächtigkeit von 2 bis 5 Metern.
Hier wurden bisher über 200 Pflanzenarten, 139 Vogelarten, 49 Tagfalterarten, 7 Amphibien- und 4 Reptilienarten nachgewiesen. Mehrere Orchideenarten und seltene Tagfalterarten kommen auf den Gumnitzwiesen vor. Die Gumnitzwiesen sind von Wäldern umgrenzt. Durch die südlich exponierten Hänge und die relative Abgeschnittenheit herrscht hier ein eigenes Mikroklima. Der Bestand dieser Flora und Fauna ist durch Sukzession, besonders durch die bereits entstandene Erlenbruchwälder, gefährdet. Durch extensive Beweidung oder ein- bis zweischürige Mahd läßt sich der Artenreichtum erhalten und eine Verbuschung oder Verwaldung wird vermieden.
An den Ufern der beiden Schlagenthiner Seen befinden sich eutrophe Verlandungs- und Röhrichtgesellschaften, in den offenen nördlichen Bereichen befinden sich kleinflächige Kleinseggenriede, Pfeifengraswiesen und seggenreiche Feuchtwiesen. Mit zunehmender Trockenlage kommen im Randbereich zunächst Honiggras- und Glatthaferwiesen und später Trespen-Halbtrockenrasen vor.
Durch den von 1983 bis 1990 betriebenen Torfabbau entstand der Torfstich, ein künstliches Gewässer, dessen maximale Tiefe 1,8 Meter beträgt. An diesem neu entstandenen Stillgewässer läßt sich die vorhandene Pioniervegetation sowie die Evolution von Flora und Fauna beobachten. Zur Gewährleistung einer naturnahen Entwicklung dieses Sees muß ein Nährstoffeintrag vermieden werden. Hierfür ist eine Nutzung der Wiesen als Hutungsfläche vorteilhaft.
Die Ufer des Sees wurden mit Sand aufgeschüttet und ermöglichen somit eine Vegetationsbesiedlung. An die Uferlagen bzw. an den Verlandungsbereich des ehemaligen Torfstiches grenzen Großseggenriede.
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